Concerne tant les œuvres envoyées par le Département à l’examen de la commission du Musée et qui n’ont pas été acceptées par elle que les œuvres en dépôt dans le magasin sans avoir été présentées et qui restent à la disposition de l’Etat ou encore les œuvres retirées des salles d’exposition et mises en réserve, des œuvres provenant d’un legs refusé. Une liste d’œuvres rédigée en 1901 mentionne un « Portrait de Mme Duffant » (inv. 323) — tableau aujourd’hui présumé perdu ou détruit — ainsi que des œuvres (non spécifié lesquelles ni leur nombre) provenant de la loterie des Exposition des beaux-arts.